Durch die Unternehmenssteuerreform 2000 wurde die Belastung von Personenunternehmen mit der Gewerbesteuer durch eine pauschalierte Anrechnung der Gewerbesteuer auf die Einkommensteuer faktisch aufgehoben. Diese Maßnahme ermäßigt die Einkommensteuer des Unternehmers. Die Ermäßigung wurde in Höhe des 1,8-fachen des Gewerbesteuer-Messbetrages gewährt. Die steuerliche Gewinnermittlung blieb unberührt, sodass die Gewerbesteuer auch weiterhin als Betriebsausgabe abzugsfähig war. Im Ergebnis sollte der Unternehmer bei einem Hebesatz von rund 360 % durch die Gewerbesteueranrechnung und den Betriebsausgabenabzug der Gewerbesteuer wirtschaftlich in vollem Umfang von dieser Steuer entlastet werden. Die Anrechnung beschränkte sich jedoch nur auf den Anteil der Einkommensteuer, der auf die Einkünfte aus Gewerbebetrieb entfällt.

Die Unternehmenssteuerreform 2008 schafft die Abzugsmöglichkeit der Gewerbesteuer als Betriebsausgaben ab. Als Belastungsausgleich für den Wegfall des Betriebsausgabenabzugs erhöht sich der Anrechnungsfaktor auf die Einkommensteuer von 1,8 auf 3,8.

In der Praxis kommt es jedoch immer wieder vor, dass eine Anrechnung der tatsächlich entstandenen Gewerbesteuer nicht oder nur teilweise erfolgt – z. B. wegen Hinzurechnungsvorschriften bei der Gewerbesteuer bzw. wegen persönlicher Verhältnisse bei der Einkommensteuer (bei Verlusten aus anderen Einkunftsarten).

Die Finanzgerichte München und Niedersachsen halten die Nichtberücksichtigung der Gewerbesteuerbelastung nicht für verfassungswidrig. Wegen der grundsätzlichen Bedeutung wurde aber jeweils die Revision beim Bundesfinanzhof (BFH) zugelassen.

Anmerkung: Betroffene Steuerpflichtige sollten ihre Steuerbescheide mit Hinweis auf die beim BFH anhängigen Verfahren offenhalten.